Le tableau clinique de l'escherichiose est similaire à celui d'autres infections diarrhéiques. Par conséquent, le diagnostic est confirmé par un examen bactériologique. Des prélèvements (selles, vomissures, liquide de lavage gastrique, sang, urine, liquide céphalorachidien, bile) doivent être effectués dès les premiers jours de la maladie avant la prescription d'un traitement étiotrope.