Chaque lipoprotéine primaire est caractérisée par la présence d'une protéine spécifique (apolipoprotéine) qui lui est propre. Les apolipoprotéines sont désignées par des lettres latines, et certaines d'entre elles représentent une famille de protéines et sont également désignées par des chiffres (par exemple, apo-A1, apo-A2, etc.).