Une neutropénie allo-immune ou iso-immune des nouveau-nés se produit chez le fœtus en raison de l'incompatibilité antigénique des neutrophiles du fœtus et de la mère. Les isoanticorps de la mère appartiennent à la classe des IgG, ils pénètrent la barrière placentaire et détruisent les neutrophiles de l'enfant. Les isoanticorps sont généralement des leuco-agglutinines, ils réagissent avec les cellules du patient et son père, ne réagissent pas avec les cellules de la mère.