Le diagnostic clinique n'est fiable qu'en cas de pneumonie lobaire. Cependant, la probabilité d'une étiologie pneumococcique de pneumonie, d'otite ou de sinusite contractées dans la communauté est de 60 à 80 %. Le diagnostic ne peut être confirmé que sur la base des résultats de l'examen microbiologique du biosubstrat correspondant: en cas de rhinite, écoulement nasal (frottis), en cas d'otite ou de sinusite, exsudat purulent, en cas de pneumonie, expectorations, en cas de méningite, liquide céphalorachidien.