Le diagnostic clinique de toutes les formes d'infection à Hib, à l'exception de l'épiglottite, est approximatif, Hib étant son agent causal le plus fréquent. Le diagnostic d'infection à Hib repose sur l'isolement d'une hémoculture du pathogène et la culture de sécrétions pathologiques (liquide céphalorachidien, pus, épanchement pleural, expectorations, frottis nasopharyngé).