Elle survient suite à une stimulation insuffisante de la fonction ovarienne par les hormones gonadotropes (GH) de l'hypophyse. Une sécrétion réduite ou inadéquate de GH par l'hypophyse peut être observée en cas de lésion de ses gonadotropes ou de diminution de leur stimulation par l'hormone lutéinisante de l'hypothalamus. L'hypofonctionnement ovarien secondaire peut donc être d'origine hypophysaire, hypothalamique et, plus souvent, mixte (hypothalamo-hypophysaire).