L'endocardite infectieuse peut être causée par divers micro-organismes, notamment des champignons, des rickettsies et des chlamydias. Cependant, les bactéries sont le principal agent causal. Les agents responsables les plus fréquents de l'endocardite infectieuse sont les streptocoques (50 %) et les staphylocoques (35 %).