La détermination de l'agent causal est cruciale pour confirmer le diagnostic de pneumocystose. Le matériau de base pour l'étude - crachats, sécrétions bronchiques, lavages obtenus par lavage du lavage des bronches ou des broncho-alvéolaire, des tranches de tissu pulmonaire prise par transbronchique, biopsie percutanée ou ouverte. Le plus souvent, en raison de l'état grave du patient, ces manipulations ne sont pas effectuées pour éviter les complications.