Le tronc cérébral est le prolongement de la moelle épinière en direction rostrale. La limite conditionnelle entre les deux est l'endroit où émergent les premières racines cervicales et la décussation pyramidale. Le tronc cérébral est divisé en rhombencéphale et mésencéphale. Le premier comprend la moelle allongée, le pont et le cervelet. Son prolongement est le mésencéphale, composé des corps quadrijumeaux et des pédoncules cérébraux, et bordant le diencéphale (thalamus, hypothalamus, sous-thalamus).