L'agent causal de l'encéphalite virale transmise par les tiques appartient au genre Flavivirus. Le virion a une forme sphérique, un diamètre de 40-50 nm, contient de l'ARN, se reproduit bien dans de nombreuses cultures de tissus. Chez les animaux de laboratoire, les souris blanches, les hamsters, les singes et les rats de coton sont les plus sensibles au virus. Sensible au virus de l'encéphalite à tiques et à de nombreux animaux domestiques.