Examen microbiologique des expectorations

L'examen microbiologique est le maillon le plus important dans la recherche diagnostique et la vérification de l'agent causal de la pneumonie. Il consiste non seulement à isoler l'agent causal, mais aussi à étudier ses propriétés, notamment sa sensibilité à divers médicaments à action bactéricide et bactériostatique.

À cette fin, la méthode d'ensemencement des expectorations sur différents milieux nutritifs est utilisée. Dans un échantillon d'expectorations livré au laboratoire, des amas purulents sont sélectionnés et soigneusement lavés dans une boîte de Pétri avec une solution isotopique de chlorure de sodium, ce qui permet, dans une certaine mesure, de les libérer de la microflore des voies respiratoires supérieures. L'ensemencement des amas purulents d'expectorations est réalisé sur différents milieux nutritifs, dont la composition est décrite dans des manuels spécialisés de microbiologie. Les milieux contenant les amas sont incubés à 37,5 °C pendant 24 heures. Des cultures pures sont isolées des colonies cultivées, identifiées par des méthodes microbiologiques connues et leur sensibilité aux antibiotiques est déterminée.

Pour déterminer la teneur quantitative en micro-organismes, les expectorations sont homogénéisées, mélangées à un bouillon nutritif, puis diluées successivement au dixième de volume, puis ensemencées dans des boîtes de Petri avec de la gélose au sang. Après 24 heures d'incubation à 37,5 °C, les résultats sont pris en compte en comptant les colonies de même type et en tenant compte du degré de dilution du matériel. Des frottis sont préparés à partir des colonies et examinés au microscope.

Interprétation des résultats

L'interprétation des résultats de l'examen microbiologique des expectorations est complexe, ce qui s'explique par plusieurs facteurs. Il a déjà été mentionné plus haut l'envahissement constant du contenu bronchique par la microflore des voies respiratoires supérieures et de la cavité buccale, ainsi que la présence fréquente dans le contenu trachéobronchique normal de personnes en bonne santé de la plupart des agents responsables des maladies respiratoires (pneumocoques, streptocoques, staphylocoques, etc.). À cet égard, l'isolement dans les expectorations, lors des études microbiologiques, d'une association de divers micro-organismes, dont la plupart sont opportunistes dans ce cas particulier, rend extrêmement difficile l'identification de l'agent causal de la maladie. Par conséquent, pour interpréter les résultats de l'examen microbiologique des expectorations, il est nécessaire de prendre en compte la prédominance quantitative d'un type particulier de bactéries (plus de 10 ⁶ -10 ⁷ mc/ml), l'apparition de certains micro-organismes en phase d'exacerbation et leur disparition en période de rémission. Il est très important de prendre en compte le tableau clinique de la maladie.

Les principaux agents responsables possibles de diverses formes cliniques de pneumonie

Forme clinique de pneumonie	Principaux agents pathogènes	Agents pathogènes possibles
Croupous	Pneumocoques	Streptocoques, Klebsiella
Post-grippe	Staphylocoques, pneumocoques, klebsiella	Haemophilus influenzae, streptocoques
Abcès	Staphylocoques, bactéroïdes, flore mixte	Klebsiella, Pseudomonas aeruginosa
Aspiration	Bacteroides, streptocoques anaérobies	Staphylocoques, pneumocoques
Postopératoire	Staphylocoques	Pneumocoques, Klebsiella
Interstitiel	Mycoplasmes	Agents pathogènes de l'ornithose et de la psittacose
Pneumonie secondaire chez les patients hospitalisés sans traitement antibactérien antérieur	Staphylocoques, pneumocoques, klebsiella, bactéroïdes	Escherichia coli, serratia, etc.
Pneumonie secondaire développée dans le contexte d'une thérapie antibactérienne	Microorganismes pathogènes facultatifs	Pseudomonas, Serratia, Klebsiella, Staphylococcus, Proteus, etc.
Chez les patients atteints de bronchite chronique	Pneumocoques, Haemophilus influenzae	Staphylocoques, streptocoques
Chez les patients souffrant d'alcoolisme	Pneumocoques, Haemophilus influenzae, Klebsiella	E. coli, protozoaires
Dans le syndrome d'immunodéficience acquise	Pneumocystis, champignons	Cytomégalovirus
Chez les patients dont les soins sont prodigués par des personnes extérieures	Pneumocoques, staphylocoques, papille hémophile	Klebsiella, Escherichia coli

Lors de l'évaluation quantitative des résultats de l'étude de la contamination microbienne chez les patients atteints de pneumonie, il est important de garder à l'esprit la très grande sensibilité de cet indicateur à la prescription d'antibiotiques. Même un traitement antibactérien de courte durée peut entraîner une forte diminution de la contamination microbienne, ce qui ne permet pas une évaluation adéquate des résultats de l'analyse des expectorations. Il est donc conseillé de recueillir les expectorations avant de prescrire un traitement antibiotique.

Il convient également de noter que des milieux nutritifs sélectifs spéciaux sont utilisés pour la culture des agents pathogènes intracellulaires de la pneumonie (mycoplasmes, légionelles, chlamydia, rickettsies). Les analyses microbiologiques de routine utilisant des milieux nutritifs conventionnels (agar-agar) ne donnent jamais de résultats positifs. Par conséquent, le choix des méthodes d'analyse microbiologique spécifiques doit être effectué en collaboration avec le médecin traitant, qui est tenu d'informer le biologiste de ses soupçons quant au rôle éventuel des agents pathogènes intracellulaires dans la survenue d'une pneumonie chez ce patient.

Il convient d'ajouter qu'en pratique clinique, même un examen microbiologique des expectorations, même techniquement parfait, ne permet d'identifier l'agent pathogène que dans 40 à 60 % des cas. Par conséquent, d'autres méthodes de recherche modernes peuvent être utilisées pour vérifier l'agent pathogène. Le contenu informatif d'une étude bactériologique peut être considérablement amélioré en utilisant comme matériel biologique étudié un aspirat trachéobronchique, un liquide obtenu lors d'un lavage broncho-alvéolaire (LBA), une bronchoscopie, etc., plutôt que les expectorations.

De plus, l'immunofluorescence de divers matériels biologiques (matériel de bronchoscopie, sang, contenu pleural, etc.), les méthodes de diagnostic par PCR et l'étude du taux d'anticorps spécifiques dans le sérum sanguin peuvent être utilisées pour identifier les agents pathogènes de la pneumonie. Malheureusement, ces méthodes de diagnostic n'ont pas encore trouvé d'application clinique généralisée et ne sont actuellement utilisées que dans de grands centres et laboratoires spécialisés.

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