Le génome du VHC est représenté par un ARN simple brin chargé positivement, qui code pour trois protéines structurales (protéine centrale de la nucléocapside et nucléoprotéines de l'enveloppe E1-E2) et cinq protéines structurales (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5). Des AT sont synthétisés pour chacune de ces protéines, que l'on retrouve dans le sang des patients atteints d'hépatite C.