Le CA 19-9 est une glycoprotéine présente dans l'épithélium fœtal du pancréas, de l'estomac, du foie, de l'intestin grêle et du côlon, ainsi que des poumons. Chez l'adulte, cet antigène est un marqueur de l'épithélium glandulaire de la plupart des organes internes et un produit de leur sécrétion. Il convient de noter que le déterminant antigénique de l'antigène CA 19-9 et l'antigène de groupe sanguin de Lewis (Le(ab-)) sont codés par un seul gène.