Analyse de selles pour la recherche de protozoaires: détection des parasites

Un test de protozoaires fécaux est un test de laboratoire conçu pour détecter les protozoaires parasites intestinaux et leurs différents stades dans un échantillon de selles. Classiquement, il consiste à rechercher au microscope les kystes, les trophozoïtes et d'autres formes du parasite, mais dans la pratique moderne, ce terme désigne de plus en plus non pas un seul test, mais tout un ensemble de méthodes. [1]

Les protozoaires intestinaux les plus importants en pratique clinique demeurent Giardia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium, Cyclospora, Cystoisospora et Dientamoeba fragilis. Cependant, la signification clinique de certaines observations est variable: Giardia et Entamoeba histolytica présentent un potentiel pathogène avéré, tandis que la signification de Blastocystis et de certaines observations liées à Dientamoeba reste plus controversée et nécessite une interprétation du contexte clinique. [2]

Il est important de comprendre que « recherche de protozoaires dans les selles » et « analyse de selles de routine » ne sont pas synonymes. L’analyse de selles de routine ne remplace pas le dépistage parasitologique ciblé, car certains pathogènes nécessitent des méthodes de concentration, des colorations permanentes, des tests antigéniques directs, la microscopie à fluorescence directe ou des méthodes moléculaires. [3]

Les diagnostics modernes reposent de plus en plus sur une seule méthode. La raison est simple: la libération de kystes et d’oocystes peut être intermittente, la charge parasitaire peut être faible et les résultats de la microscopie dépendent fortement de l’expérience du laboratoire. Par conséquent, la combinaison de la microscopie avec des tests antigéniques ou moléculaires augmente la probabilité d’un diagnostic correct. [4]

D’où la principale conclusion pratique: l’analyse des selles pour la recherche de protozoaires n’est pas aujourd’hui un test unique applicable à tous les parasites, mais une méthode diagnostique. Pour un patient, un seul échantillon associé à un test antigénique pour Giardia sera suffisant, tandis que pour un autre, une série d’échantillons, une coloration spéciale pour les coccidies et des tests moléculaires seront nécessaires. [5]

Tableau 1. Quels protozoaires sont le plus souvent retrouvés dans les matières fécales?

Pathogène	Qu'est-ce qui est le plus couramment utilisé?
Giardia	Test antigénique, microscopie à fluorescence directe, test moléculaire, microscopie
Entamoeba histolytica	Test antigénique ou moléculaire spécifique à l'espèce, microscopie comme étape initiale
Cryptosporidium	Coloration spéciale, test antigénique, microscopie à fluorescence directe, tests moléculaires
Cyclospora	Coloration spéciale, tests moléculaires
Cystoisospora	Coloration spéciale, microscopie pour recherche ciblée
Dientamoeba fragilis	Frottis coloré de façon permanente, parfois test moléculaire
Blastocystis	La microscopie, parfois les tests moléculaires, mais leur signification clinique est controversée.

Source du tableau. [6]

Quand une telle étude est-elle réellement prescrite?

L’indication la plus fréquente est une diarrhée qui dure plus de 1 à 2 jours, persistant plusieurs jours ou devenant prolongée. MedlinePlus indique que le test est utilisé lorsque les symptômes d’une infection intestinale peuvent être liés à des parasites, et l’IDSA recommande d’envisager une cause parasitaire, notamment en cas de diarrhée du voyageur durant 14 jours ou plus. [7]

La probabilité d'une origine parasitaire augmente lorsque la diarrhée s'accompagne de ballonnements, de perte de poids, de stéatorrhée, de selles malodorantes, graisseuses et flottantes, de crampes abdominales et d'une durée prolongée. Ce tableau clinique est particulièrement caractéristique de la giardiase et de certaines autres infections à protozoaires, qui peuvent provoquer non seulement une diarrhée aiguë, mais aussi un syndrome de malabsorption. [8]

Un autre groupe important est celui des patients de retour de voyage, en particulier ceux exposés à une eau de qualité douteuse, à des aliments crus, à des piscines, des lacs, des campings ou à des épidémies d'infections intestinales. La section du Livre jaune des CDC consacrée à la diarrhée post-voyageur indique spécifiquement que des tests parasitaires sont appropriés en cas de diarrhée persistante chez ces patients, notamment des prélèvements sériés et des colorations spéciales pour la recherche de coccidies. [9]

Cette étude est particulièrement importante chez les personnes immunodéficientes. Chez les patients présentant une déficience immunitaire sévère, les infections parasitaires peuvent être plus graves et durer plus longtemps, et Cryptosporidium, Cyclospora, Cystoisospora et d'autres agents pathogènes provoquent une diarrhée aqueuse prolongée et une déshydratation. [10]

Cependant, ce test n’est pas une méthode appropriée pour un dépistage de masse « par précaution » chez les personnes asymptomatiques. Le CDC note que Blastocystis, Dientamoeba et Giardia sont fréquemment retrouvés chez les voyageurs asymptomatiques, mais que seul le potentiel pathogène de Giardia est relativement clair, et que la microscopie chez les personnes asymptomatiques n’est ni très sensible ni reproductible. [11]

Tableau 2. Principales indications de l'analyse des selles pour la recherche de protozoaires

Situation	L'analyse est-elle nécessaire?
Diarrhée persistante	Oui
Diarrhée après un voyage	Oui, surtout si la durée est de 14 jours ou plus.
Ballonnements, perte de poids, stéatorrhée	Oui
Immunodéficience et diarrhée aqueuse	Oui, en utilisant la méthode étendue
Une personne asymptomatique sans facteurs de risque particuliers	Généralement non
Surveillance du traitement de l'infection confirmée	Parfois oui, à des fins cliniques

Source du tableau. [12]

Comment bien se préparer et comment rassembler les matériaux

L’obtention d’un résultat de qualité commence non pas au laboratoire, mais à domicile lors du prélèvement de l’échantillon. Ce dernier doit être recueilli dans un récipient propre et sec, exempt d’urine et d’eau. Il s’agit d’une condition essentielle, car la dilution de l’échantillon et les impuretés étrangères peuvent nuire à la microscopie et réduire la fiabilité de certaines méthodes d’analyse. [13]

Si le laboratoire peut recevoir rapidement du matériel frais, celui-ci lui est livré dans les meilleurs délais. Le CDC recommande, en cas de retard, de conserver l’échantillon; à défaut, les trophozoïtes sont détruits et leur morphologie se détériore. C’est pourquoi l’ancienne règle du « prélèvement et de la livraison dès que possible » est peu efficace en parasitologie. [14]

Si le premier résultat est négatif, le prélèvement doit souvent être répété. Le CDC recommande, si possible, d'analyser trois échantillons prélevés à deux ou trois jours d'intervalle, car les parasites ne sont pas excrétés en continu. Ce principe est particulièrement important pour la microscopie; pour Cryptosporidium et Giardia, le CDC recommande également de prélever les échantillons dans un délai de trois jours. [15]

Avant le prélèvement, il est important de tenir compte des médicaments susceptibles d'interférer avec le test. Le CDC mentionne les antiacides, le kaolin, les huiles minérales, les antidiarrhéiques non absorbables, le bismuth, le baryum et les antimicrobiens parmi les substances dont la prise doit être différée pendant la période recommandée, faute de quoi l'échantillon pourrait devenir inutilisable ou moins informatif. [16]

Un autre point important concerne les conservateurs. Le formaldéhyde ou le fixateur polyvinylique sont traditionnellement utilisés en microscopie, mais pour le diagnostic moléculaire, le formol, l'acétate de sodium, l'acide acétique et les solutions de formol, ainsi que le fixateur polyvinylique, sont souvent déconseillés. Par conséquent, si un test moléculaire est prévu, il est nécessaire de se renseigner au préalable auprès du laboratoire sur le type de récipient et le mode de conservation requis. [17]

C’est pourquoi la meilleure pratique consiste à éviter de prélever des échantillons « au hasard », mais plutôt à consulter d’abord le laboratoire pour déterminer si un échantillon frais, un échantillon conservé ou les deux sont nécessaires. Pour les diagnostics modernes, cette précaution est plus importante que n’importe quel conseil trouvé sur Internet. [18]

Tableau 3. Règles de collecte des matériaux

Étape	Ce qu'il faut faire	Pourquoi est-ce important?
1	Recueillez les selles dans un récipient propre et sec.	Évitez de mélanger l'urine et l'eau
2	Livrer rapidement des produits frais	Préserver les trophozoïtes et leur morphologie
3	Utilisez un agent de conservation si nécessaire.	Empêcher la destruction des formes parasitaires
4	Si le résultat est négatif, prélevez jusqu'à 3 échantillons.	Augmenter la sensibilité de l'étude
5	Signalez la présence de bismuth, de baryum, d'antibiotiques et d'autres médicaments.	Évitez d'obtenir un résultat faussement négatif
6	Vérifiez le format auprès du laboratoire à l'avance.	La microscopie et les tests moléculaires nécessitent une préparation différente

Source du tableau. [19]

Quelles méthodes sont réellement utilisées aujourd'hui?

La méthode classique est l’examen microscopique des selles. Cette méthode consiste pour le technicien de laboratoire à rechercher des kystes, des trophozoïtes, des oocystes et d’autres formes de parasites dans un échantillon natif, un concentré ou un frottis coloré. Cette approche demeure importante car elle permet la détection d’un large éventail de parasites, et non d’un seul pathogène. [20]

Cependant, la microscopie conventionnelle présente des limites. Elle dépend de la qualité de l'échantillon, du délai de prélèvement, de l'expérience du spécialiste et de la présence ou non de formes infectieuses du parasite le jour du prélèvement. Par conséquent, pour la giardiase et certaines autres infections, la microscopie seule est souvent insuffisante, surtout en cas de forte suspicion clinique. [21]

Les tests antigéniques directs, la microscopie à fluorescence directe et les méthodes moléculaires sont aujourd’hui particulièrement importants pour le diagnostic de la giardiase. Le CDC indique clairement que la microscopie à fluorescence directe est la méthode de référence pour le diagnostic de cette infection, et les tests antigéniques et les méthodes moléculaires sont également largement utilisés. [22]

La situation est similaire pour Cryptosporidium, mais il convient de préciser que ce parasite n’est souvent pas détecté automatiquement. Le CDC souligne que, par le passé, des méthodes spécialisées, telles que la coloration acido-résistante, la microscopie à fluorescence directe, les tests immuno-enzymatiques (ELISA) ou les tests moléculaires, étaient nécessaires et que les médecins devaient souvent prescrire ces analyses séparément. [23]

Pour Cyclospora et Cystoisospora, la coloration trichromique de routine est souvent insuffisante. Le CDC précise que la coloration acido-résistante modifiée est utile pour détecter les oocystes de coccidies et permet d'identifier les pathogènes qui passent souvent inaperçus avec la coloration de routine. [24]

Les panels moléculaires pour les infections intestinales sont de plus en plus utilisés en cas de diarrhée, notamment chez les voyageurs, lors d'épidémies et dans les cas complexes. Ils permettent de rechercher simultanément des bactéries, des virus et des parasites, mais leur interprétation doit être prudente: l'acide nucléique détecté n'indique pas toujours que cet organisme particulier est actuellement à l'origine des symptômes. [25]

Tableau 4. Comparaison des principales méthodes

Méthode	Points forts	Restrictions
Microscopie	Couverture étendue, vous pouvez voir différents parasites	Cela dépend de l'expérience et de la qualité de l'échantillon
Concentration et frottis coloré	Augmente la détection de certains agents pathogènes	Des sauts sont encore possibles à faible charge.
Test antigénique	Plus rapide et souvent plus sensible à Giardia et à certains autres parasites	Ne couvre pas l'ensemble du spectre des protozoaires
Microscopie à fluorescence directe	Une méthode très efficace contre Giardia et Cryptosporidium	Équipement et expérience requis
Test moléculaire	Haute sensibilité, recherche rapide et étendue	Nécessite une interprétation appropriée et n'est pas toujours disponible
Peinture spéciale résistante aux acides	Important pour Cryptosporidium, Cyclospora, Cystoisospora	Non inclus automatiquement dans tous les examens de routine

Source du tableau. [26]

Comment déchiffrer le résultat

Un résultat positif signifie que des formes parasitaires, des antigènes ou de l'acide nucléique du pathogène sont détectés dans l'échantillon. Cependant, même dans ce cas, l'interprétation n'est pas toujours la même. Pour Giardia ou Cryptosporidium, un résultat positif en présence de symptômes est généralement compatible avec une infection active, mais pour certains autres protozoaires, la signification de ce résultat peut être moins évidente. [27]

Un résultat négatif n’exclut pas systématiquement une infection. Les raisons sont fréquentes: le parasite n’est pas systématiquement excrété dans les selles, le prélèvement a été mal effectué, le matériel a été livré tardivement, un conservateur inapproprié a été utilisé ou le laboratoire n’a pas employé la méthode spécialisée adéquate. C’est pourquoi les CDC recommandent de répéter les prélèvements et insistent sur la nécessité de formuler des demandes ciblées pour des méthodes spécifiques à certains pathogènes. [28]

Entamoeba histolytica pose un problème particulier. La microscopie ne permet pas de la distinguer avec certitude d’Entamoeba dispar, et chez les voyageurs, la plupart des observations microscopiques s’avèrent finalement être dues à Entamoeba dispar. Par conséquent, une méthode plus précise et spécifique à l’espèce est nécessaire pour les infections amibiennes cliniquement significatives. [29]

La présence de Blastocystis nécessite une interprétation particulièrement prudente. Le CDC souligne explicitement que la signification clinique de Blastocystis spp. est controversée. Cela signifie qu'un résultat positif à lui seul ne prouve pas que cette bactérie soit à l'origine des symptômes, surtout s'il existe d'autres causes possibles de diarrhée. [30]

L’infection à Dientamoeba fragilis ne nécessite pas toujours un traitement automatique. Le CDC note que ces infections sont souvent asymptomatiques et peuvent ne pas nécessiter de traitement; celui-ci est envisagé principalement lorsque des symptômes sont présents et que ce parasite est le seul élément mis en évidence. [31]

Par conséquent, une interprétation correcte ne repose pas sur le seul mot « détecté », mais sur quatre questions: y a-t-il des symptômes? Quelle méthode précise a permis d’obtenir ce résultat? Une recherche spécifique était-elle nécessaire? Et existe-t-il une autre cause plus probable aux symptômes? Ce n’est qu’à ces conditions que l’analyse devient cliniquement utile. [32]

Tableau 5. Interprétation des résultats typiques

Résultat	Qu'est-ce que cela signifie généralement?
Giardia détectée	Chez un patient symptomatique, il s'agit généralement d'une observation significative.
Cryptosporidium détecté	Généralement cliniquement significatif, surtout en cas de diarrhée aqueuse
Entamoeba au microscope	Des tests supplémentaires spécifiques à l'espèce sont nécessaires
Blastocystis détecté	Le rôle causal n'est pas toujours évident.
Dientamoeba fragilis découverte	La colonisation, qu'elle soit symptomatique ou asymptomatique, est possible.
Analyse de -1	Une infection reste possible même en cas de forte suspicion.

Source du tableau. [33]

Quand demander des méthodes spéciales et des échantillons répétés

En cas de diarrhée persistante après un voyage, un test négatif ne doit pas automatiquement interrompre les investigations. Le CDC recommande d'analyser des prélèvements sériés effectués sur une période de 3 jours ou plus en cas de suspicion d'infection parasitaire, et d'utiliser une coloration acido-résistante en cas de suspicion de Cryptosporidium, Cyclospora ou Cystoisospora. [34]

Si le tableau clinique est compatible avec une giardiase, notamment en présence de ballonnements, de flatulences, de perte de poids et de troubles de l'absorption, il est plus logique de demander un test antigénique ou une autre méthode ciblée moderne plutôt que de se fier uniquement à un examen microscopique de routine. Le CDC souligne spécifiquement qu'un test antigénique fécal est préférable pour la détection de Giardia dans certains contextes cliniques, tandis que l'examen microscopique des protozoaires est moins sensible. [35]

En cas d’immunodéficience sévère et de diarrhée aqueuse, les examens de laboratoire doivent être plus approfondis que d’habitude. Dans ces situations, il est particulièrement important de ne pas passer à côté de Cryptosporidium, Cyclospora, Cystoisospora et des microsporidies; un examen de selles de routine pour les protozoaires peut donc s’avérer insuffisant. [36]

Dientamoeba fragilis requiert une attention particulière. Le CDC note que les trophozoïtes de ce parasite ne sont généralement pas détectés après une concentration de routine et sont mieux détectés sur des frottis colorés; par conséquent, un test standard négatif n’exclut pas toujours ce pathogène. [37]

C’est pourquoi une bonne demande d’analyse en laboratoire doit être aussi précise que possible. Plutôt que d’utiliser un langage vague, il est préférable de préciser le problème clinique: diarrhée persistante après un voyage, suspicion de giardiase, recherche de cryptosporidium, demande de coloration acido-résistante, nécessité d’un test moléculaire. Cette spécificité augmente considérablement la valeur diagnostique du test. [38]

Tableau 6. Quand une demande spéciale au laboratoire est nécessaire

situation clinique	Ce qu'il est souhaitable d'indiquer
Suspicion de Giardia	Test antigénique ou moléculaire
Diarrhée aqueuse persistante chez un patient immunodéprimé	Recherche de Cryptosporidium, Cyclospora, Cystoisospora
coccidies suspectées	Coloration acido-résistante modifiée
Suspicion d'Entamoeba histolytica	Vérification spécifique à l'espèce
Dientamoeba fragilis suspectée	Frottis coloré de façon permanente ou autre méthode ciblée
Analyse négative 1 avec forte suspicion	Échantillons répétés sur différents jours

Source du tableau. [39]

Considérations particulières pour les enfants, les voyageurs et les personnes asymptomatiques

Chez l’enfant, les tests sont réalisés selon les mêmes principes de base que chez l’adulte, mais il est particulièrement important de prendre en compte la durée des symptômes, la perte de poids, les signes de malabsorption et la déshydratation. MedlinePlus indique que les infections parasitaires peuvent provoquer des diarrhées, des douleurs abdominales, des gaz et d’autres symptômes intestinaux chez l’enfant, et que chez les groupes vulnérables, l’évolution peut parfois être plus sévère. [40]

Pour les voyageurs, la logique est particulièrement claire: une diarrhée brève et sans complications est plus souvent d’origine bactérienne ou virale, tandis qu’une diarrhée prolongée fait davantage suspecter une infection parasitaire. Le CDC et l’IDSA établissent un lien direct entre une durée de 14 jours ou plus et la nécessité de rechercher une infection parasitaire. [41]

Chez les personnes immunodéficientes, le seuil de réalisation d'examens approfondis est plus bas. Chez elles, même des agents pathogènes parfois plus bénins chez les personnes immunocompétentes peuvent provoquer une diarrhée prolongée et une déshydratation sévère; un résultat négatif à un test dans ce groupe doit donc être interprété avec prudence. [42]

Chez les personnes asymptomatiques, les résultats sont interprétés avec beaucoup plus de prudence. Le CDC note que Blastocystis, Dientamoeba et Giardia sont souvent retrouvés chez les voyageurs asymptomatiques, mais il existe peu de preuves justifiant un dépistage et un traitement systématiques pour ces découvertes fortuites, et la transmission par les voyageurs asymptomatiques semble rare. [43]

Par conséquent, la signification clinique d’un test est toujours déterminée non seulement par sa forme, mais aussi par le contexte: l’identité du patient, la présence de symptômes, ses antécédents de voyage, son éventuelle immunodéficience, le parasite identifié et la fiabilité de la méthode utilisée. Ce principe est particulièrement important en parasitologie. [44]

FAQ

1. Les analyses de selles pour la recherche de protozoaires et les analyses de selles pour la recherche d'œufs d'helminthes sont-elles identiques?
Non. En pratique, les laboratoires combinent souvent ces analyses dans le cadre d'une recherche parasitologique plus large, mais les « protozoaires » sont des parasites intestinaux unicellulaires, et non des helminthes. L'examen parasitologique des selles classique pratiqué dans les pays anglophones inclut la recherche des parasites et de leurs œufs, observés au microscope. [45]

2. Peut-on exclure la présence de parasites avec un seul test négatif?
Pas toujours. Le CDC recommande de tester trois échantillons, à 2 ou 3 jours d’intervalle, si possible, car l’excrétion parasitaire peut être intermittente. [46]

3. Combien d’échantillons sont généralement nécessaires?
Pour la microscopie classique, il est souvent recommandé de prélever jusqu’à 3 échantillons sur des jours différents. Pour certains tests ciblés modernes, un seul échantillon peut suffire, mais cela dépend du laboratoire et de l’objectif clinique. [47]

4. Quelle est la meilleure méthode de diagnostic de Giardia?
Le CDC indique que la microscopie à fluorescence directe est la méthode de référence, mais les méthodes antigéniques et moléculaires sont également largement utilisées. Pour de nombreuses applications cliniques, le test antigénique fécal est préférable à l’examen microscopique conventionnel.[48]

5. Pourquoi un médecin demande-t-il parfois spécifiquement une recherche de Cryptosporidium?
Parce que ce parasite peut ne pas être détecté lors d’un examen de routine sans coloration spéciale, microscopie à fluorescence directe ou méthode antigénique ou moléculaire. [49]

6. Que faire si le résultat indique la présence d’Entamoeba, mais que l’espèce n’est pas précisée?
Ce résultat peut être insuffisant. La microscopie ne permet pas de distinguer Entamoeba histolytica d’Entamoeba dispar; des examens complémentaires sont donc nécessaires pour confirmer une infection amibienne cliniquement significative. [50]

7. Faut-il toujours traiter Blastocystis?
Non. Le CDC indique que la signification clinique de Blastocystis spp. est controversée; la décision de traiter dépend donc des symptômes et de l’exclusion d’autres causes possibles. [51]

8. Faut-il toujours traiter une infection à Dientamoeba fragilis?
Non, pas du tout. Le CDC indique que ces infections sont souvent asymptomatiques et peuvent ne pas nécessiter de traitement; un traitement est généralement envisagé si des symptômes sont présents et que c’est le seul signe significatif. [52]

9. Dans quel délai les échantillons de selles fraîches doivent-ils être acheminés au laboratoire?
Le plus rapidement possible. Si un délai est inévitable, l’échantillon doit être conservé conformément aux directives du laboratoire, faute de quoi la morphologie du parasite se détériorera. [53]

10. Puis-je passer le test pendant un traitement antibiotique, la prise de bismuth ou de baryum?
Cela est déconseillé car ces substances peuvent altérer la qualité de l’échantillon et augmenter le risque de faux négatif. Le CDC mentionne ces facteurs parmi ceux qui suggèrent de reporter le test au-delà du délai recommandé. [54]

11. Quand faut-il particulièrement envisager la présence de parasites?
En cas de diarrhée prolongée, de voyage, de consommation d’eau non traitée, de ballonnements, de perte de poids, de stéatorrhée ou d’immunodéficience. Pour les diarrhées du voyageur durant 14 jours ou plus, l’IDSA recommande de rechercher une infection parasitaire intestinale. [55]

12. Quel examen est le plus important: la microscopie ou les tests moléculaires?
Il n’existe pas de réponse universelle. La microscopie reste utile, mais les méthodes moléculaires et antigéniques sont souvent plus sensibles pour certains pathogènes. Le choix de la meilleure option dépend de l’objectif clinique et des capacités du laboratoire. [56]