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Un nouvel atlas cartographie en détail 1,6 million de cellules intestinales humaines avec une précision sans précédent
Dernière revue: 02.07.2025
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La carte la plus complète des cellules intestinales humaines à ce jour a été créée en combinant des données spatiales et à noyau unique provenant de 1,6 million de cellules.
La cartographie des cellules intestinales pourrait permettre de mieux comprendre le mécanisme de maladies comme le cancer colorectal et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). Grâce à cet atlas, des chercheurs de l'Institut Sanger et leurs collègues ont identifié un nouveau rôle pour une cellule intestinale particulière, potentiellement impliquée dans un cycle inflammatoire chez certaines personnes, provoquant douleurs et inconfort.
L'étude, publiée dans la revue Nature, décrit comment l'équipe a combiné plus de 25 ensembles de données gastro-intestinales humaines (GI) pour créer la plus grande base de données intestinales librement accessible au monde. Cette base de données comprend des échantillons provenant de personnes en bonne santé et de personnes souffrant de diverses maladies.
La signification de la carte des cellules intestinales
En comprenant mieux la structure de l’intestin en bonne santé et en maladie, les chercheurs peuvent identifier les changements clés qui peuvent être associés à l’apparition de maladies telles que la colite ulcéreuse et la maladie de Crohn, ainsi que découvrir de nouvelles cibles pour le développement de médicaments.
Cet article fait partie d'une série de publications (Nature Portfolio) associées au projet Atlas des cellules humaines, qui représentent des avancées significatives dans notre compréhension du corps humain. Ces études éclairent des aspects clés de la biologie du développement, de la santé et de la maladie, et contribuent au développement d'outils analytiques qui faciliteront la création d'un atlas des cellules humaines.
Le tube digestif comprend les organes responsables de la digestion, de la bouche à l'anus. Il assure des fonctions importantes comme l'absorption des nutriments et la protection contre les agents pathogènes. Les maladies gastro-intestinales touchent des millions de personnes dans le monde. Par exemple, la rectocolite hémorragique et la maladie de Crohn touchent plus de 7 millions de personnes. Ces maladies se caractérisent par des symptômes tels que douleurs abdominales, diarrhée, saignements rectaux, fatigue et problèmes articulaires.
Le cancer colorectal, également appelé cancer colorectal, est le quatrième cancer le plus fréquent au Royaume-Uni, avec près de 43 000 personnes diagnostiquées chaque année. On compte environ deux millions de cas dans le monde.
Créer une ressource harmonisée
En raison de l'importance de ces maladies, de nombreuses études mononucléaires sur la structure des cellules gastro-intestinales ont été menées. Cependant, la fragmentation des données et des méthodes a rendu difficile l'utilisation de ces ressources par les chercheurs extérieurs.
Pour répondre à ce problème, les chercheurs ont développé un outil d'harmonisation des données, créant ainsi une ressource standardisée de cellules intestinales accessible aux scientifiques du monde entier. Cet outil peut également être appliqué à d'autres organes pour des recherches ultérieures.
L'atlas résultant combine 25 ensembles de données et inclut 1,6 million de cellules, avec des données mononucléaires et spatiales, fournissant des informations sur les types de cellules, leur localisation et leurs interactions avec l'environnement. L'atlas inclut des données provenant de personnes en bonne santé ainsi que de patients atteints de cancers gastro- et colorectaux, de maladie cœliaque, de rectocolite hémorragique et de maladie de Crohn.
Découverte d'un nouveau rôle pour les cellules
L'équipe a découvert un type de cellules, les cellules métaplasiques intestinales, potentiellement impliquées dans l'inflammation. Ces cellules, normalement impliquées dans la réparation de la paroi de l'estomac, présentaient des similitudes génétiques avec d'autres cellules gastro-intestinales associées à l'inflammation. Les scientifiques supposent que l'inflammation liée aux MICI entraîne des modifications de ces cellules, aggravant ainsi l'inflammation.
Application de l'atlas
L'atlas est disponible gratuitement et de nouveaux processus ont été développés pour permettre l'ajout de données de recherche futures, créant ainsi une ressource dynamique et accessible pour les scientifiques.
Le Dr Amanda Oliver, première auteure de l'Institut Sanger, a déclaré:
« Les données spatiales et mononucléaires fournissent des informations uniques sur l'interaction des cellules intestinales, contribuant ainsi à mieux comprendre le fonctionnement du corps humain. Nous espérons que les chercheurs continueront à exploiter cette ressource et à apporter de nouvelles connaissances pour améliorer la santé humaine. »
Le Dr Rasa Elmentaite, co-auteur de l'étude, a ajouté:
« Cet atlas intégré comprend une énorme quantité de données, nous permettant d'identifier les types de cellules pathogènes qui pourraient être des cibles pour de futures interventions. »
La professeure Sarah Teichmann, cofondatrice de l'Atlas des cellules humaines, a déclaré:
« Cet atlas démontre ce que l'on peut accomplir grâce à une collaboration ouverte entre scientifiques du monde entier. C'est un outil puissant pour comprendre les maladies et développer de nouveaux traitements. »