Une analyse révèle de nouvelles preuves d'une recrudescence mondiale des infections par le streptocoque du groupe A

Le streptocoque du groupe A (Strep A) est une bactérie courante, généralement responsable d'infections de la gorge et de scarlatine. Bien que la plupart des infections soient bénignes, dans de rares cas, le Streptocoque A peut provoquer des infections invasives potentiellement mortelles.

Entre 2022 et 2023, les services de santé du monde entier ont enregistré une augmentation des infections invasives graves à streptocoque A après la levée des restrictions liées à la pandémie. Une nouvelle étude menée par des scientifiques de l'Imperial College de Londres et de Public Health England a confirmé qu'une variante de la bactérie appelée M1UK a joué un rôle clé dans cette augmentation.

Les souches M1 sont connues pour provoquer des infections plus invasives que les autres types de streptocoque A. Bien que le variant ait été identifié et séquencé pour la première fois au Royaume-Uni, M1UK a récemment été associé à une augmentation des infections graves en Europe, en Australie, en Amérique du Nord et au Japon suite à la levée des restrictions liées à la pandémie. Il a également été détecté en Amérique du Sud, en Nouvelle-Zélande et à Taïwan.

Les faibles niveaux d’infections à streptocoque A pendant la pandémie ont probablement rendu la population, en particulier les enfants, particulièrement vulnérable à ces infections, contribuant à la flambée des cas dans de nombreux pays.

Dans une nouvelle étude sur la génétique de M1UK, publiée dans la revue Nature Communications, les scientifiques présentent de nouvelles données sur le moment où la variante est apparue pour la première fois et comment elle se compare à d'autres souches.

Répartition mondiale et introductions potentielles de M1UK et des populations intermédiaires. A. Arbre phylogénétique de 2 364 souches de M1UK et intermédiaires collectées dans le monde entier de mars 2005 à juillet 2023. B. Arbre de transmission simplifié généré avec PastML, montrant la localisation de l'origine épidémique ancestrale des lignées de M1UK et des populations intermédiaires. C. Estimation de la taille effective de la population (Ne) de M1UK au Royaume-Uni au fil du temps. Nature Communications (2024). DOI: 10.1038/s41467-024-47929-7

En utilisant le séquençage génétique d’échantillons de patients combiné à la modélisation informatique, ils ont découvert que M1UK est probablement apparu vers 2008 et a commencé à augmenter progressivement à partir de 2010.

Comparé aux souches M1 précédentes, qui sont restées relativement inchangées au cours des 40 dernières années, M1UK produit davantage de toxines responsables de la scarlatine.

La professeure Shiranee Sriskandan, du département des maladies infectieuses de l'Imperial College de Londres, qui a dirigé l'étude avec des collègues de l'UKHSA, a déclaré: « Les bactéries évoluent au fil du temps et, comme le streptocoque A est un agent pathogène strictement humain, il subit des modifications génétiques au fur et à mesure de sa propagation dans la population. La plupart des variants apparaissent et disparaissent au fil du temps, mais le variant M1UK semble désormais bien implanté au Royaume-Uni et dans d'autres pays. On ne sait pas si cette situation perdurera à long terme. »

Histoire génétique

En effectuant une recherche dans les bases de données génomiques mondiales, l'équipe a montré que lorsque M1UK a été détecté pour la première fois au Royaume-Uni en 2019, seules deux souches de M1UK ont pu être identifiées à partir de séquences génomiques hors du Royaume-Uni. Cependant, des analyses ultérieures menées dans d'autres pays, examinant l'évolution des infections à streptocoque A (y compris les infections invasives), montrent que M1UK est désormais présent dans plus de dix pays à travers le monde et est devenu, dans certains cas, la souche dominante après la pandémie.

L'analyse met également en évidence un effet goulot d'étranglement: les infections à streptocoque A ont diminué pendant la pandémie de COVID-19, parallèlement à la mise en place généralisée de mesures de distanciation sociale et de confinement. Mais après cette période, le virus M1UK s'est rapidement propagé au Royaume-Uni, avec une augmentation marquée de la scarlatine et des infections invasives à streptocoque A en 2022.

Selon les chercheurs, si la réduction de la transmission du streptocoque A pendant la pandémie a pu affaiblir l'immunité de la population, leurs travaux mettent en évidence des caractéristiques génétiques de M1UK qui indiquent un avantage de survie par rapport aux autres souches, lui permettant de se propager plus facilement et potentiellement de provoquer une maladie plus grave. Il est possible qu'une immunité accrue de la population contre la souche M1UK puisse permettre l'émergence d'autres types de souches.

Le professeur Sriskandan, également directeur clinique du Centre de biologie de la résistance bactérienne, a ajouté: « Si nous savons désormais que le variant M1UK est responsable de l'augmentation significative des cas l'hiver dernier, celle-ci s'est produite à une période inhabituelle de l'année, coïncidant avec la propagation des virus respiratoires et le stress hivernal, qui ont tous eu un impact sur la gravité de la maladie. En fin de compte, les pics observés à différents moments dans le monde sont probablement dus à une immunité réduite contre certains agents pathogènes respiratoires, en particulier le streptocoque A. Les vaccins pourraient contribuer à prévenir ce phénomène, et nous avons absolument besoin d'un vaccin contre le streptocoque A. Ces derniers résultats de notre étude ont été rendus possibles grâce à une étroite collaboration entre les chercheurs en maladies infectieuses de l'Imperial College et le système de surveillance moléculaire de pointe de l'Agence britannique de protection de la santé. »