Les chauves-souris se révèlent porteuses de nouveaux virus de l'herpès

Dans une étude récente publiée dans Scientific Reports, une équipe de chercheurs de Wuhan, en Chine, a découvert que diverses espèces de chauves-souris insectivores du centre de la Chine sont des hôtes ou des réservoirs naturels. Les herpèsvirus β et γ, avec des virus de la famille des Herpesviridae présentant des restrictions dans la gamme d'hôtes et une analyse phylogénétique indiquant des transmissions croisées antérieures entre espèces.

Les maladies zoonotiques ont toujours constitué une menace sérieuse pour la santé humaine et l'économie, étant donné que le système immunitaire humain et les technologies médicales mondiales ne sont souvent pas préparés à faire face à ces virus transmis par d'autres espèces animales. La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est un excellent exemple de l'impact des maladies zoonotiques sur la vie humaine et sur l'économie mondiale.

Des facteurs tels que le fait de vivre en grands groupes et d'avoir une large répartition font souvent que les chauves-souris agissent comme réservoirs pour une variété d'agents pathogènes. Les similitudes génétiques entre les chauves-souris et d'autres mammifères tels que les humains et le bétail ont conduit à des épidémies de divers virus zoonotiques tels que le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV), les virus Ebola, les lyssavirus et les hénipavirus.

Les virus de la famille des Herpesviridae possèdent un acide désoxyribonucléique (ADN) linéaire double brin dont la taille du génome varie de 124 à 295 paires de kilobases (kpb). Ces virus ont été trouvés chez de nombreux animaux, notamment les coquillages, les poissons, les amphibiens, les reptiles, les oiseaux et les mammifères. Les herpèsvirus de mammifères sont divisés en trois sous-familles : les herpèsvirus α, β et γ, ainsi que de nombreuses espèces d'herpèsvirus humains, tels que le cytomégalovirus, le virus d'Epstein-Barr, le virus associé au sarcome de Kaposi et les herpèsvirus humains 6A, 6B et 7., sont connus pour leur capacité à provoquer des infections entraînant une morbidité grave.

Dans cette étude, les scientifiques ont collecté différentes espèces de chauves-souris insectivores dans des grottes situées dans diverses zones autour de la ville de Wuhan, dans la province du Hubei, et ont utilisé des techniques moléculaires pour déterminer la présence d'herpèsvirus chez ces chauves-souris. Les caractéristiques épidémiologiques des herpèsvirus détectés ont été étudiées à l'aide de méthodes phylogénétiques.

Les chauves-souris ont été initialement identifiées sur la base de leur morphologie, et le gène du cytochrome b a ensuite été amplifié par réaction en chaîne par polymérase (PCR) et séquencé à partir de l'ADN extrait de ces chauves-souris pour confirmer l'identification de l'espèce. L'ADN génomique obtenu à partir de tissus hépatiques et intestinaux a également été utilisé pour effectuer une amplification PCR imbriquée ciblant le gène de l'ADN polymérase dpol dans les virus de l'herpès. De plus, le gène de la glycoprotéine B a été utilisé pour mieux caractériser les herpèsvirus.

L'outil de recherche d'alignement local de base, ou BLAST, fourni par le Centre national d'information sur la biotechnologie a été utilisé pour obtenir les séquences publiées du virus de l'herpès les plus similaires à celles séquencées dans cette étude. Les séquences publiées et celles obtenues dans l’étude ont ensuite été utilisées pour construire des arbres phylogénétiques afin de comprendre les relations entre les herpèsvirus nouvellement découverts et précédemment identifiés. Les séquences de cytochrome b générées pour les espèces de chauves-souris ont également été utilisées pour construire des arbres phylogénétiques d'hôtes afin de déterminer les modèles de corrélation entre les virus de l'herpès et leurs hôtes.

L'étude a révélé quatre souches du genre Betaherpesvirus et 18 souches de Gammaherpesvirus chez 22 des 140 chauves-souris collectées. Chez l'espèce de chauve-souris Rhinolophus pusillus ou petite chauve-souris fer à cheval, la prévalence des virus de l'herpès était de 26,3 %, tandis que chez l'espèce de micro-chauve-souris Myotis davidii, elle était de 8,4 %. La souche de y-herpèsvirus la plus fréquemment détectée était la souche RP701, qui présentait également la plus grande similitude avec le y-herpèsvirus des ruminants. L'une des autres souches de Gammaherpesvirus, MD704, a montré la plus grande similitude avec le γ-herpèsvirus du hérisson.

L'aire de répartition de M. Davidii s'étend des régions du centre au nord de la Chine, tandis que R. Pusillus se trouve dans la région indo-malaise. D'autres études ont également identifié la souche RP701 de l'herpèsvirus chez les chauves-souris trouvées dans le sud de la Chine, indiquant que le RP701 est répandu et partage un ancêtre commun avec un herpèsvirus trouvé chez les ruminants.

De plus, quatre β-herpèsvirus ont été identifiés chez M. Davidii et présentent une similitude de 79 % à 83 % avec les β-herpèsvirus connus. Ces β-herpèsvirus appartenaient également au même clade que les β-herpèsvirus identifiés chez d'autres chauves-souris de la famille des Vespertilionidae, à laquelle appartient M. Davidii. Ces résultats suggèrent que les nouveaux β-herpèsvirus pourraient avoir des hôtes autres que M. Davidii, et qu'un contact étroit entre individus de différentes espèces de la famille des Vespertilionidae en colonies pourrait faciliter la transmission interspécifique de ces β-herpèsvirus.

En résumé, l'étude a identifié quatre nouvelles souches d'herpèsvirus β et 18 nouvelles souches d'herpèsvirus γ chez 22 chauves-souris collectées dans les zones autour de la ville de Wuhan. Deux des souches courantes partagent des similitudes avec les herpèsvirus trouvés chez les ruminants et les hérissons, ce qui indique un potentiel de transmission à d'autres mammifères et d'éventuelles épidémies de maladies zoonotiques.

Ces résultats soulignent la nécessité d'une surveillance continue des grandes populations de chauves-souris et des réservoirs viraux chez ces hôtes afin de garantir la préparation à d'éventuelles épidémies de maladies zoonotiques.