Les chauves-souris sont porteuses de nouveaux virus de l'herpès

Dans une étude récente publiée dans la revue Scientific Reports, une équipe de chercheurs de Wuhan, en Chine, a découvert que diverses espèces de chauves-souris insectivores du centre de la Chine sont des hôtes naturels ou des réservoirs de β- et γ-herpèsvirus, les virus de la famille Herpesviridae présentant des restrictions de gamme d'hôtes et une analyse phylogénétique indiquant des transmissions croisées antérieures entre les espèces.

Les zoonoses ont toujours représenté une menace sérieuse pour la santé humaine et l'économie, le système immunitaire humain et la technologie médicale mondiale étant souvent démunis face à ces virus transmis par d'autres espèces animales. La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) illustre parfaitement l'impact des zoonoses sur la vie humaine et l'économie mondiale.

Des facteurs tels que la vie en grands groupes et une large répartition géographique font souvent des chauves-souris des réservoirs de divers agents pathogènes. Les similitudes génétiques entre les chauves-souris et d'autres mammifères, comme les humains et le bétail, ont entraîné des épidémies de divers virus zoonotiques, tels que le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV), les virus Ebola, les lyssavirus et les henipavirus.

Les virus de la famille des Herpesviridae possèdent un acide désoxyribonucléique (ADN) double brin linéaire, dont la taille du génome varie de 124 à 295 kilopaires de bases (kbp). Ces virus ont été détectés chez de nombreux animaux, notamment les mollusques, les poissons, les amphibiens, les reptiles, les oiseaux et les mammifères. Les herpèsvirus de mammifères se divisent en trois sous-familles: les herpèsvirus α, β et γ. De nombreuses espèces d'herpèsvirus humains, comme le cytomégalovirus, le virus d'Epstein-Barr, le virus associé au sarcome de Kaposi et les herpèsvirus humains 6A, 6B et 7, sont connues pour provoquer des infections à forte morbidité.

Dans cette étude, les chercheurs ont collecté différentes espèces de chauves-souris insectivores dans des grottes de différentes zones de la ville de Wuhan, dans la province du Hubei, et ont utilisé des techniques moléculaires pour déterminer la présence d'herpèsvirus chez ces chauves-souris. Les caractéristiques épidémiologiques des herpèsvirus détectés ont été étudiées par des méthodes phylogénétiques.

Les chauves-souris ont d'abord été identifiées sur la base de leur morphologie, puis le gène du cytochrome b a été amplifié par réaction en chaîne par polymérase (PCR) et séquencé à partir de l'ADN extrait de ces chauves-souris afin de confirmer l'identification de l'espèce. L'ADN génomique obtenu à partir de tissus hépatiques et intestinaux a également été utilisé pour réaliser une amplification par PCR imbriquée ciblant le gène de l'ADN polymérase dpol des herpèsvirus. De plus, le gène de la glycoprotéine B a été utilisé pour caractériser plus précisément les herpèsvirus.

L'outil de recherche d'alignement local de base (BLAST), fourni par le Centre national d'information sur les biotechnologies, a été utilisé pour obtenir les séquences d'herpèsvirus publiées les plus similaires à celles séquencées dans cette étude. Les séquences publiées et celles obtenues dans le cadre de l'étude ont ensuite été utilisées pour construire des arbres phylogénétiques afin de comprendre les relations entre les herpèsvirus nouvellement découverts et ceux déjà identifiés. Les séquences du cytochrome b générées pour les espèces de chauves-souris ont également été utilisées pour construire un arbre phylogénétique hôte afin de déterminer les schémas de corrélation entre les herpèsvirus et leurs hôtes.

L'étude a identifié quatre souches du genre Betaherpesvirus et 18 souches de Gammaherpesvirus chez 22 des 140 chauves-souris collectées. Chez l'espèce de chauve-souris Rhinolophus pusillus, ou petit rhinolophe, la prévalence de l'herpèsvirus était de 26,3 %, tandis que chez l'espèce de microchiroptère Myotis davidii, elle était de 8,4 %. La souche de γ-herpèsvirus la plus fréquemment détectée était la RP701, qui présentait également la plus grande similarité avec le γ-herpèsvirus des ruminants. L'une des autres souches de Gammaherpesvirus, la MD704, présentait la plus grande similarité avec le γ-herpèsvirus du hérisson.

L'aire de répartition de M. davidii s'étend du centre au nord de la Chine, tandis que R. pusillus est présent dans la région indo-malaise. D'autres études ont également identifié la souche d'herpèsvirus RP701 chez des chauves-souris du sud de la Chine, indiquant que RP701 est largement répandu et partage un ancêtre commun avec l'herpèsvirus présent chez les ruminants.

De plus, quatre β-herpèsvirus ont été identifiés chez M. davidii et présentaient une similarité de 79 % à 83 % avec les β-herpèsvirus connus. Ces β-herpèsvirus appartenaient également au même clade que les β-herpèsvirus identifiés chez d'autres chauves-souris de la famille des Vespertilionidae, à laquelle appartient M. davidii. Ces résultats suggèrent que les nouveaux β-herpèsvirus pourraient avoir d'autres hôtes que M. davidii et qu'un contact étroit entre individus de différentes espèces de Vespertilionidae dans les colonies pourrait faciliter la transmission interspécifique de ces β-herpèsvirus.

En résumé, l'étude a identifié quatre nouvelles souches de β-herpèsvirus et 18 nouvelles souches de γ-herpèsvirus chez 22 chauves-souris prélevées dans les environs de Wuhan. Deux des souches courantes présentent des similitudes avec les herpèsvirus présents chez les ruminants et les hérissons, ce qui indique un potentiel de transmission à d'autres mammifères et d'éventuelles épidémies zoonotiques.

Ces résultats soulignent la nécessité d’une surveillance continue des grandes populations de chauves-souris et d’un suivi des réservoirs viraux chez ces hôtes afin de garantir la préparation aux éventuelles épidémies de maladies zoonotiques.